Tak lama berselang, ia juga menjadi dosen di Pascasarjana Universitas Indonesia (1992) dan Guru Besar di Sekolah Tinggi Filsafat Driyarkara (1993) dua institusi terkemuka yang menegaskan kapabilitasnya di bidang filsafat dan keislaman.
Puncak pengabdiannya di dunia pendidikan datang pada 17 Oktober 2006, ketika ia resmi terpilih sebagai Rektor UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.
Dalam pemilihan yang dipimpin oleh almarhum Prof. Azyumardi Azra, Komar unggul atas dua kandidat lain: Prof. Dr. Masykuri Abdillah dan Prof. Dr. Suwito.
Ia kemudian menjabat dua periode dan dikenal sebagai rektor pembaharu yang menjembatani Islam, sains, dan peradaban modern.
Belakangan, ia juga dipercaya memimpin kampus baru bertaraf internasional, yakni Universitas Islam Internasional Indonesia (UIII)—sebuah institusi elite yang dibentuk untuk mengangkat wajah Islam Indonesia ke panggung global.
BACA JUGA:Suparno Wonokromo Terima Penghargaan Tokoh Inspiratif pada HUT PWI/HPN 2023 di Lubuk Linggau
BACA JUGA:Bos Kompas Heran dengan Alwi Hamu
Selain aktif di kampus, Komaruddin dikenal luas sebagai kolumnis media massa nasional. Ia secara konsisten menulis opini dan analisis tajam di surat kabar seperti Kompas, Seputar Indonesia, dan Republika, menyuarakan pentingnya moderasi beragama, demokrasi, dan kebebasan berpikir.
Ia juga berkiprah sebagai anggota Dewan Redaksi majalah Ulumul Qur’an sejak 1991, Studia Islamika sejak 1994, dan Ensiklopedia Dunia Islam.
Tak hanya itu, ia menjabat sebagai Direktur Pusat Kajian Pengembangan Islam Kontemporer di UIN Jakarta sejak 1995 dan menjadi peneliti senior di Yayasan Wakaf Paramadina sejak 1990.
Pengalaman ini memperkaya wawasannya, terutama dalam memahami dinamika sosial, politik, dan media yang kini menjadi medan tugas barunya di Dewan Pers.