Daulah Mamluk mengembalikannya ke masjid pada awal abad ke-13 dan menambahkan perpustakaan yang berisi ribuan buku dan manuskrip.
Pada masa Mamluk Sultan Al Zaher Baybars, dibangun perpustakaan masjid sebagai ruang ilmiah bagi para sarjana yang sekaligus menjadi perpustakaan tertua di Gaza.
Masjid ini juga sempat dihancurkan oleh pasukan Mongol pada 1260 dan segera dipulihkan kembali namun hancur karena gempa bumi.
BACA JUGA:Bukan Arab Saudi! Ternyata Ini Negeri yang 100 Persen Jadikan Syariat Islam Sebagai Hukum Negara
BACA JUGA:Asma’ Sang Juru Bicara Para Muslimah dari Madinah, Shahabiyah Anshar Pertama yang Masuk Islam
Setelah itu, sekitar 300 tahun kemudian Masjid Al-Omari memulihkan kembali bangunan masjid.
Pada Masa Utsmaniyah, kekhalifahan memperluas Masjid Al-Omari dan menambahkan fitur baru seperti iwan (ruang berkubah) dan menara yang bercirikan arsitektur Utsmani.
Area bangunan masjid diperluas selama masa pemerintahan Ottoman oleh Sultan Nasser Muhammad.
Kerusakan parah Masjid Al-Omari pernah terjadi setelah pengeboman Inggris selama Perang Dunia I, masjid tersebut dipulihkan pada tahun 1925 oleh Dewan Muslim Tertinggi.
BACA JUGA:Mengenal Bayt Al-Hikmah, Perpustakaan Terbesar Dunia Sebagai Pusat Keilmuan Zaman Keemasan Islam
Masjid ini mengalami kerusakan dan kehancuran akibat perang dan bencana alam, seperti gempa bumi dan banjir.
Kemudian dipugar beberapa kali oleh otoritas lokal dan tokoh agama yang mempertahankan gaya dan karakter aslinya.
Sayangnya, Masjid Al-Omari kini hancur lebur untuk kesekian kalinya akibat serangan udara Israel pada 7 Desember 2023.
Meski mengalami kerusakan berulang kali, Masjid Al-Omari tetap menjadi simbol penting dari sejarah dan kekayaan budaya Gaza.