Kepemimpinan lembaga ini juga ditentukan dengan atau dibawah naungan yang berbeda yakni untuk BIN diangkjat oleh Presiden dengan persetujuan DPR.
BIN memiliki kewenangan untuk melakukan berbagai aksi seperti penyadapan komunikasi, penggeledahan serta penyitaan barang bukti.
Berbeda dengan BIN, BAIS tidak memiliki wewenang tersebut namun kepala BAIS diangkat langsung oleh Presiden.
Nah jadi kesimpulannya dari berbagai perbedaan-perbedaan tersebut, lembaga BIN sepertinya memiliki wewenang yang lebih luas dan kompleks dibandingkan dengan BAIS.
Namun kendati demikian, keduanya memiliki peran yang sangat penting dalam menjaga keamanan nasional dan kepentingan nasional Indonesia.
Untuk informasi, Indonesia pertama kali membentuk badan intelijen bernama Badan Istimewa dimana pada saat itu dipimpin oleh Kolonel Zulkifli Lubis dengan anggota 40 mantan tentara pembela tanah air (PETA).
Kemudian pada tahun 1946 Badan Istimewa berganti nama menjadi Badan Rahasia Negara Indonesia atau BRANI yang tergabung dalam lembaga Badan Pertahanan B.
Memasuki tahun 1952 namanya berganti menjadi Badan Informasi Staf Angkatan Perang, BISAP sekaligus tahun ini mendapat tawaran pelatihan dari CIA AS untuk melakukan latihan terhadap anggota badan intelijen Indonesia.
Lembaga intelijen ini terhitung enam kali berganti nama hingga pada tahun 2000, BAKIN berubah nama menjadi Badan Intelijen Negara (BIN) hingga saat ini.(*)