Sejumlah kontroversinya membuat Panji Gumilang jadi perhatian publik. Pimpinan Ponpes Al Zaytun itu juga dituding telah terafiliasi dengan Negara IsIam Indonesia (NII).
Ini disampaikan Pendiri Yayasan Pesantren Indonesia Imam Supriyanto, dalam program acara televisi swasta nasional yang dipandu pengacara kondang Hotman Paris Hutapea. Imam mengungkapkan, Gubernur NII Jawa Tengah telah divonis bersalah dan dibui 3 tahun penjara.
"Sampai saya itu menangkap Gubernur NII Jawa Tengah dan itu kena 3 tahun (penjara). Tapi nggak ke atas, jadi pisaunya nggak tajam ke atas," kata Imam, yang memperlihatkan akte notaris 27 Januari 1994 bukti dirinya merupakan pendiri Al Zaytun
Imam mengungkapkan, Panji Gumilang merupakan pemegang estafet ke-6 NII. Sehingga jelas terafiliasi. Bahkan, Imam mengetahui dengan persis bagaimana orang-orang direkrut menjadi anggota NII. Kemudian disuh mencari uang.
"Buktinya dulu (Panji Gumilang terafiliasi NII) saya bawa satu (mobil) pickup itu ke Baintelkam Mabes Polri. Nggak ada yang bisa dibuktikan. Saya tahu persis orang-orang itu direkrut jadi anggota NII, kemudian disuru cari uang, cari anggota sebanyak-banyaknya. Masuk anggota bayar. Orang mau berbai'at itu harus bayar," bongkar Imam.
Imam yang dicampakan dari Al Zaytun, sempat melaporkan Panji Gumilang atas pemalsuan dokumen dan makar. Saat itu, menurut Imam, Panji Gumilang, sudah ketakutan.