Keberadaan Al Zaytun dikait-kaitkan dengan Negara Islam Indonesia (NII).
Al Zaytun dituduh sebagai ibukota NII. Sehingga ada keterkaitan bila mereka yang beraktivitas di Al Zaytun wajib memiliki buku mirip pasport itu.
Mantan Kapolda Jawa Barat, Komjen (purn) Susno Duadji memastikan Negara Islam Indonesia Komandemen Wilayah 9 (NII KW9), telah melakukan perbuatan makar.
Sebab NII KW9 yang diduga dipimpin Panji Gumilang, yang juga pimpinan Ponpes Al Zaytun itu, telah memenuhi unsur perbuatan makar.
"Saya perna jadi Kapolda Jawa Barat tahun 2008, dan kamilah yang mengungkapkan tentang NII K9. Kapolda Jawa Barat dibackup oleh Baintelkam dan Bareskrim Mabes Polri," tegas Susno Duadji.
Menurut mantan Kabareskrim ini, mengapa NII KW9 dikatakan telah melakukan perbuatan makar? karena meraka mendirikan negara dalam negara, ada wilayah, rakyat, konstitusi, lambang negara dan ada benderanya.