Lalu, satu tahun kemudian, tepatnya pada tahun 2009 polisi Indonesia berhasil membunuh pentolan Jemaah Islamiyah Noordin Mat Top alias Noordin M Top.
Sejak tahun 2009, Jemaah Islamiyah telah dibayang-bayangi oleh aktivitas kelompok-kelompok sempalannya dan teroris lain yang berbasis di Indonesia.
Beberapa di antaranya adalah anggota berpengalaman yang sebelumnya berafiliasi dengan Jemaah Islamiyah, yang lainnya adalah terpidana teroris yang telah menyelesaikan hukuman penjara dan kemudian melanjutkan aktivitas mereka.
Teroris Indonesia Umar Patek ditangkap oleh pihak berwenang Pakistan di Abbotabad pada bulan Januari 2011 dan dipulangkan tujuh bulan kemudian divonis bersalah pada bulan Juni 2012 atas perannya dalam pemboman Bali tahun 2002 dan dijatuhi hukuman 20 tahun penjara.
Lalu, pada bulan November tahun 2012, pasukan keamanan Filipina membunuh pemimpin senior Jemaah Islamiyah Indonesia, Sanusi.