Selian dari para santrinya, pesantren Istighfar juga punya keunikan dari sisi bentuk bangunannya.
Dibagian depan pesantren terdapat sebuah patung naga terpotong dengan ususnya yang terburai.
Patung tersebut melambangkan, pemutusan hubungan dengan kejahatan.
Diantara potongan tubuh naga itu, tertulis kalimat Arab yang berbunyi "Innasholati Whanushuki Wamahyaya Wamamati Lillahi Ta'ala"
Yang artinya, sesungguhnya salatku ibadahku hidupku dan matiku hanyalah kepunyaan Allah.
Selain itu didalam musholahnya juga terdapat lampu disko, yang memberikan suasana berbeda saat salat berjamaah.
Serta dibagian dindingnya, terdapat tulisan Wartel Akhirat 042443 yang merupakan jumlah rakaat dalam salat wajib.