Dengan moto pesantren Tombo Ati yang berarti menenangkan diri.
BACA JUGA:Ratusan Babi Peliharaan Panji Gumilang Ditemukan di Ponpes Al Zaytun Indramayu, Benarkah?
Di Ponpes Istighfar ini tidak menerapkan sistem menginap bagi para santri-santrinya.
Melainkan hanya datang untuk sekedar berkonsultasi, terutama tentang kehidupan dan diselesaikan dengan cara ilmu agama.
Setiap harinya, setidaknya ada sekitar 250 preman yang datang ke Ponpes Istighfar untuk mendapatkan bimbingan dari Gus Wanto.
Dalam mendidik para santrinya, Gus Wanto tidak sendiri, dia dibantu juga oleh para ustadz dan ustadzah yang berkompeten di bidangnya.
Para santri juga mengikuti pembelajaran agama, seperti tafsir Al Qur'an, Fiqih, Hadist dan lain sebagainya.