Untuk jadwal keberangkatan PO Mutiara Express, pagi pukul 07.00 WIB-18.00 WIB dan pukul 09.00 WIB-20.00 WIB. Dan jadwal malam pukul 19.00 WIB-06.00 WIB serta pukul 21.00 WIB-08.00 WIB.
Sistem penjemputan dan penurunan dari PO Mutiara Express termasuk unik. Perusahaan ini menerapkan sistem point to point seperti travel. Berbeda dengan bus AKAP lain yang punya beberapa titik untuk melakukan penjemputan dan penurunan penumpang,
Selain pemberhentian untuk makan, PO Mutiara Express hanya akan berangkat dan berhenti di MGK Mall (Kemayoran) untuk Jakarta. Dan RedBus Lounge (Medaeng) untuk Surabaya. Penumpang mau tidak mau akan naik dan turun dari dua tempat tersebut.
Untuk jam keberangkatan bus ini punya jadwal yang menarik yaitu pada pukul 21.00 WIB. Ini menjadikan Mutiara Express sebagai bus dengan keberangkatan paling malam dari Jakarta ke Surabaya. Sangat cocok untuk pekerja yang ingin bepergian atau pulang kampung setelah pulang kerja.
Selain itu, bus ini juga memiliki jadwal lainnya yaitu pada pagi hari pukul 07.30 serta malam hari pukul 19.00 WIB. (*)