Babak ini akan dibagi menjadi tiga grup, masing-masing berisi 4 tim.
Dalam fase ini, pertandingan akan mengikuti sistem double round robin, dengan setiap tim bermain satu kali di kandang dan tandang.
Tim yang finis sebagai juara grup dan runner-up terbaik akan maju ke babak semifinal.
Babak semifinal akan ditentukan melalui undian, dengan tim dari grup yang berbeda akan berhadapan dalam format dua leg, kandang dan tandang.
Tim yang berhasil meraih kemenangan akan lolos ke final dan mendapatkan tiket promosi.
Pertandingan final juga akan terdiri dari dua leg, dengan pertandingan perebutan tempat ketiga.
Pemenang dari pertandingan ketiga ini akan mendapatkan promosi ke Liga 1.
Sementara itu, empat tim terbawah dari klasemen fase grup akan terlibat dalam play-off degradasi.
Play-off ini melibatkan 16 tim, yang akan dibagi menjadi empat grup dengan sistem double round robin, di mana setiap tim akan bermain di kandang dan tandang.
Dua klub dengan posisi terendah dari klasemen akhir play-off akan terdegradasi.
Sehingga total delapan klub akan bermain di Liga 3 pada musim berikutnya.
Selain itu, dari Liga 3 musim 2023/2024, enam tim akan meraih promosi ke Liga 2.
PT LIB telah menetapkan tanggal 10 September 2023 sebagai kick-off Liga 2 2023/2024.