Laki-laki yang profesor intelejen pertama di dunia itu pun sudah melakukan penelitian ke Al Zaytun, untuk memastikan Al Zaytun terkait NII.
Menurut Hendropriyono selama dirinya menjadi Kepala BIN, sasaran intelejen adalah masalah ideologi. Pada Al Zaytun, penelitian dilakukan untuk memastikan Al Zaytun masih menganut ideologi NII.
Kemudian BIN melakukan penyelidikan, dengan membentuk tim, dengan unsur Kementerian Agama dan MUI, termasuk Polri. Yang memimpin tim dari Kementerian Agama.
"Hasilnya, secara ideologi, tidak ada NII. Jadi tidak bernapaskan NII. Ini justru wawasannya kebangsaan. Disitu ada gedung pembelajaran Soeharto, Soekarno, Bung Hatta," kata Hendropriyono, yang merupakan Kepala BIN pertama.
Saat peletakan batu pertama, Hendropriyono mewakili Megawati untuk gedung Soekarno. Secara ideologis, kata Hendropriyono, Al Zaytun tidak ada penyimpangan.
Hendropriyono beralasan, pihaknya hanya menyelidiki ideologi politik saja. Hasilnya tidak ada penyimpangan.