Namun, ketika Menteri Agama pulang dari Ponpes Al Zaytun Indramayu, mereka selalu mengatakan bahwa Ponpes Al Zaytun Indramayu merupakan pesantren terbaik di Indonesia.
"Tidak ada sesat sama sekali. Padahal, Mabes Polri itu sudah melabeli sesat pada tahun 2002 lalu," tegasnya.
Makanya, Mustofa mempertanyakan kenapa Kementerian Agama RI seolah-olah "loading lambat" terkait Ponpes Al Zaytun Indramayu.
"Setelah 20 tahun, kita nggak bisa update. Apa hasil pekerjaan pemerintah dalam menangani Al Zaytun ini," tanyanya.
Mustofa sebenarnya telah mencurigai apa yang terjadi di Ponpes Al Zaytun Indramayu, pasca diresmikan oleh Presiden RI, Habibie, pada tahun 1998 lalu.
"Ini Ponpes letaknya di tengah-tengah hutan, sekarang sudah sangat modern. Dua tiga tahun lalu itu belum ada jalan yang menuju kesana, sekarang sudah ada tuh jalan yang panjang sangat istimewa," sebutnya.
Misteri sebenarnya, ketika Ponpes Al Zaytun Indramayu mengaku tidak pernah kekurangan uang. Terbukti, pada suatu moment Panji Gumilang mengungkapkan bahwa dalam satu tahun Ponpes Al Zaytun Indramayu mengelola Rp 500 miliar.