Nabi Nuh menjawab sebagaimana dalam Surah Hud ayat 38: "Berkatalah Nuh, Jika kamu mengejek kami, sesungguhnya kami (pun) mengejekmu sebagai mana kamu sekalian mengejek (kami). "
Ia melanjutkan pekerjaannya, hingga selesailah pembuatan perahu. Lalu Allah memerintahkan Nabi Nuh untuk mengajak keluarga dan kaumnya yang beriman, serta membawa sepasang semua jenis hewan.
Setelah semua masuk ke dalam perahu, dan pintu perahu ditutup. Allah menurunkan hujan dengan sangat deras yang tidak pernah ada sebelumnya selama 40 hari 40 malam, dan semua mata air juga memancarkan air.
Saking besarnya banjir tersebut, dianalogikan seperti gulungan air yang bertabrakan juga naik ke atas sehingga membentuk gunung. Perahu itu terombang-ambing oleh air yang menenggelamkan orang-orang kafir.
Ketika Nabi Nuh memandangi banjir tersebut, beliau melihat anaknya, Kan'aan dan berkata, "Wahai anakku, berimanlah kepada Allah. Naiklah ke atas perahu ini sebelum kamu ditelan oleh gelombang air itu, dan ikut binasa bersama orang-orang kafir itu."
Kan'aan menjawab seperti dalam Surah Hud ayat 43, "Aku akan mencari perlindungan ke gunung yang dapat memeliharaku dari air bah!"
Nuh berkata lagi sesuai dalam Surah Hud ayat 43, "Tidak ada yang melindungi hari ini dari azab Allah selain Allah (saja) yang Maha Penyayang."
Setelah semua penghuni bumi dan orang kafir tenggelam, kecuali orang-orang yang berada di atas perahu. Allah memerintahkan bumi untuk mengisap air yang memenuhi daratan, dan langit untuk segera berhenti menurunkan hujan.
Perahu berlabuh di sebuah gunung yang bernama al-Juudi. Gunung al-Juudi adalah satu-satunya gunung yang tidak ikut tenggelam. Allah SWT menjaga keberadaan perahu Nabi Nuh di Gunung al-Juudi selama 1000 tahun, sebagai suatu peringatan dan pelajaran bagi manusia.