Seletah memulai karirnya di TNI AL, Yudo ditugaskan sebagai Kadep Ops Ki Hajar Dewantara 364 dan Palaksa KRI Fatahillah 361.
Kemudian ia dipercaya sebagai Komandan KRI Pandrong 801, KRI Sutanto 877, KRI Ahmad Yani 351 dan Komandan Lanal Tual pada 2004-2008 dan Komandan Lanal Sorong pada 2010-2011.
BACA JUGA:Sinergitas Polri-TNI, Polsek Sukarami Sampaikan Pesan Kamtibmas untuk Menghindari Aksi Curanmor
Setelah itu berturut-urut Yudo terpilih menjadi Komandan Satkat Koarmatim pada 2010-2011 dan Satkor Koarmatim pada 2011-2012. Serta menjalani tugas sebagai Komandan Kolat Armabar pada 2012-2014.
Tak berhenti sampai disitu, pada 2014 ia menjabat sebagai Paban II Opslat Sops Mabesal. Pada tahun 2015-2016 ia dipilih sebagai Komandan Lantamal I Belawan dan Kepala Staf Koarmabar pada 2016-2017.
2017-2018 Yudo menjabat sebagai Komando Lintas Laut Militer dan juga menjabat sebagai Panglima Komando Armada RI Wilayah Barat.
Setelahnya, pada 2019, Yudo dipilih sebagai Panglima Kogabwilhan I. Dan jabnatan terakhirnya dari 2020 hingga saat ini adalah KSAL yang ke-27.
BACA JUGA:KRI Bung Tomo 357 TNI AL jadi Saksi Kecanggihan Pesawat Anti Kapal Selam
PRESTASI YUDO MARGONO
1. Brevet atas air
2. Brevet selam TNI AL
3. Brevet Kavaleri Marinir Kelas 1
4. Brevet Hiu Kencana
5. Brevet Kopaska
6. Brevet Kesehatan TNI AL
7. Brevet Tri Media