Pada musim 2006/2007 ditunjuk menjadi pelatih Ajax. Kemudian, pada Oktober 2007, Ten Cate menjadi asisten pelatih Avram Grant di Chelsea.
Lalu, Henk ten Cate memilih mundur setelah kekalahan The Blues di final Liga Champions 2008.
Tak sampai disitu, pada 2010 Henk mencoba peruntungan dengan melatih klub di Asia dan menjadi pelatih Al Ahli di UEA.
Dua tahun kemudian, Henk ten Cate menjadi pelatih di Shandong Luneng Taishan.
Henk ten Cate pada 2017 sempat dirumorkan menjadi pelatih Belanda, namun tawaran itu ia tolak mentah-mentah.
Henk ten Cate juga sempat melatih timnas Suriname. Pada Mei 2023, Henk ditunjuk menjadi asisten Aron Winter di Suriname.
Satu hal yang membuat ten Cate cukup layak menjadi asisten Kluivert ialah soal gaya melatihnya.
Kluivert sempat mengutarakan bahwa ia ingin Timnas Indonesia memiliki skema permainan menyerang.