Ketika itu, Saddam bersembunyi di bunker bawah tanah ditangkap oleh pasukan gabungan Amerika Serikat pada 13 Desember 2003.
Pemerintahan sementara dipimpin oleh Ibrahim al-Jaafari, Jalal Talabani dari suku Kurdi dipilih sebagai pimpinan negara.
Saddam Husein mulai diadili pada 19 Oktober 2005 dan didakwa memerintahkan pembunuhan terhadap 150 orang dengan mayoritas muslim Syiah (Dujail).
Pada tahun 1982, menyusul upaya pembunuhan yang gagal dilakukan terhadap Saddam Husain.
Saddam Husein juga melakukan mogok makan pada 7 Juli 2006, setelahnya Saddam menghadiri sidang pengadilan yang digelar pada 26 Juli 2006 di Baghdad (Irak).
Pada 5 November 2005, Saddam Husein dijatuhi vonis hukuman mati dengan digantung sebab keterlibatannya dalam kasus Dujail yang ternyata fitnah.
Fitnah yang menyerang Saddam Husein membuatnya ditahan oleh pasukan AS di pangkalan AS, Camp Cropper pada 30 Juni 2004.
Saddam Husein dengan 11 pemimpin senior ba’ath diserahkan kepada pemerintahan sementara Irak guna diadila selama kejahatan terhadap kemanusiaan.
Beberapa minggu setelahnya, Saddam Husein didakwa oleh Pengadilan Khusus Irak dengan kejahatan yang dilakukan terhadap penduduk Dujail pada 1982.
Tuduhan khusus lainnya termasuk pembunuhan terhadap 148 orang, penyiksaan wanita dan anak-anak serta penangkapan ilegal 399 orang.
Kejamnya fitnah kepada Saddam Husein membuatnya tetap dinyatakan bersalah pada 5 November 2006 dan dijatuhi hukuman mati dengan cara digantung.
Saddam Husein yang sangat ditakuti oleh Barat ini digantung pada hari pertama Idul Adha pada 30 Desember 2006.
Eksekusi matinya dilakukan di Camp Justice, sebuah pangkalan militer Irak di Kadhimiyah, sebuah lingkungan di timur laut Baghdad.