Ken Setiawan juga mempertanyakan peran dari Majelis Ulama Indonesia (MUI) dan Kementrian Agama (Kemenag) RI yang terkesan tutup mata melihat kehebohan Ponpes Al Zaytun ini.
Padahal, lanjut Ken Setiawan MUI dan Kemenag telah melakukan penelitian tahun 2002 dan hasilnya terindikasi adanya keterkaitan Al Zaytun dengan NII Komando Wilayah 9.
Namun, sangat disayangkan hasil penelian di tahun 2002 tersebut tidak di publish ke masyarakat.
Untuk, Ken Setiawan kembali mendesak pihak MUI dan Kemenag RI untuk turun tangan langsung, dengan melakukan pembinaan di Ponpes Al Zaytun guna mengantisipasi kesesatan ajaran yang lebih menyimpang. *