Kontroversi lainnya juga muncul lantaran pernyataan Pendiri Ponpes yakni, Panji Gumilang yang mengatakan bahwa Al Zaytun bermadzhab kepada Ir Soekarno.
Selain itu, kejadian terbaru yakni banyak yang mengaitkan Ponpes Al Zaytun Indramayu dengan peristiwa penembakan di Kantor Majelis Ulama Indonesia (MUI) Jakarta Pusat beberapa hari lalu. *