Tak hanya itu, polemik dan sejumlah kasus kontroversial juga pernah dilakukan pendiri Ponpes Al Zaytun, Panji Gumilang. Salah satunya, banyak yang mengatakan Panji Gumilang pernah jadi Imam Besar Negara Islam Indonesia (NII).
Lalu, pernah juga dilaporkan oleh mantan pegawainya atas tuduhan kasus pencabulan yang dilakukan pada tahun 2021 lalu. *