Selain itu, Oppo Pad 3 Pro juga dilengkapi dengan pemindai sidik jari yang terdapat pada tombol power, memberikan lapisan keamanan tambahan.
Ada juga fitur Secure Boot yang melindungi perangkat dari ancaman pada saat booting.
Sistem operasi ColorOS 13 memiliki fitur Private Safe untuk menyimpan data penting dan menyembunyikannya dari akses tidak sah. Semua fitur ini menjadikan Oppo Pad 3 Pro sangat aman untuk digunakan.