Sistem operasi berbasis FunTouch OS 15 menghadirkan berbagai proteksi privasi, seperti App Lock dan File Safe, yang melindungi aplikasi dan data penting.
iQOO 13 juga memiliki enkripsi perangkat end-to-end, memastikan data pengguna tetap aman dari ancaman eksternal.
Dengan sertifikasi IP68/IP69, iQOO 13 juga tahan terhadap air dan debu, menambah keamanan fisik perangkat.