Setelah itu, Lembaga Pemeriksa Halal (LPH) menghitung, menetapkan, dan mengisikan biaya pemeriksaan di SIHALAL.
Selanjutnya, pelaku usaha melakukan pembayaran dan mengunggah bukti bayar dalam format pdf di SIHALAL.
Lalu, BPJPH melakukan verifikasi pembayaran dan menerbitkan (Surat Tanda Terima Dokumen (STD) di SIHALAL.
Kemudian, LPH melakukan proses pemeriksaan dan mengunggah laporan pemeriksaan di SIHALAL.
Setelah itu, Komisi Fatwa MUI melakukan Sidang Fatwa dan mengunggah Ketetapan Halal di SIHALAL.
Lalu, BPJPH menerbitkan Sertifikat Halal dan Pelaku usaha mengunduh sertifikat halal di SIHALAL, jika statusnya "Terbit SH".