Adapun kontroversi-kontroversi Ponpes Al-Zaytun, yakni, shaf perempuan dan laki-laki tanpa penghalang serta shaf berjarak, meragukan Al-Quran,
Adzan dengan gaya nyeleneh, dan perempuan jadi khatib Salat Jumat.
Kemudian, boleh berzinah selama membayar tebusan, mengubah ketentuan haji, diduga terafiliasi NII, punya pola perekrutan, dan kontroversi lagu Havenu Shalom Aleichem.
"Mengubah ketentuan haji itu dimana kata Panji Gumilang haji nggak perlu ke Mekkah, cukup di Al-Zaytun aja," terangnya.
BACA JUGA:Di Komplek Ponpes Al Zaytun Indramayu Diduga Terdapat Gereja dan Asrama Setan, Benarkah?
Terkait dugaan terafiliasi dengan NII, Imam menjelaskan bahwa Panji Gumilang merupakan pemegang ettafe keenam dari NII. Imam bahkan mengaku pernah menangkap Gubernur NII Jawa Tengah.
Dan terkait lagu Havenu Shalom Aleichem yang sering dinyanyikan Panji Gumilang dan anak-anak di Ponpes Al-Zaytun Indramayu, Imam menegaskan bahwa itu merupakan salam Yahudi.