Kemudian, Syekh Panji Gumilang juga mempermasalahkan ada yang menyebut bahwa Ponpes Al-Zaytun sesat, serta terafiliasi dengan Negara Islam Indonesia Komandemen Wilayah IX (NII KW-9).
"Padahal kami inginnya KW 1. Produk Indonesia itu jangan KW-9. KW itu kan kualitas, maka mendirikan pendidikan seperti ini harus berkualitas nomor satu," pungkasnya. *